在完成植物杂交的引导任务后，玩家可以将变异植物和另一种变异植物的花粉进行杂交，得到全新品种的植物。得到新的变异植物后不仅可以解锁相应的图鉴，还能提升玩家的园艺值，解锁一定数量的变异植物后还能获得摩尔豆奖励。
那么具体该怎么杂交呢？首先需要锄地和浇水，然后去梅森那里买变异植物的种子，播种后等待成熟。成熟后的变异植物可以用花粉瓶采集花粉，前面的引导任务会给一些初级的花粉瓶，在R4商店里可以升级花粉瓶，升级后的花粉瓶可以取更多的花粉。点击变异植物头顶上的花粉瓶标志就能成功取粉，采集到的花粉会出现在最下面一栏的花粉里。接下来需要去购买并播种另一种颜色的变异植物种子，等待成熟后它的头上会出现一个花朵的标识，把刚刚取到的花粉撒上去就完成杂交了。杂交后植物会重置成熟时间，至于杂交成功与否要等到成熟了才知道，植物的头顶上出现瓶子的标志说明杂交成功了，杂交失败的植物不能再进行取粉和授粉。
想要提高杂交成功的概率，可以使用神奇配方，这个道具在梅森的工具商店购买，另外天气对杂交的概率也有一定的影响。另外在杂交时一般只有不同颜色但是同一品种的变异植物才能杂交，不同品种的植物则不能杂交。需要注意的是梅森的种子商店里有普通植物的种子和变异植物的种子，千万不要买错了，普通植物无法杂交，变异植物的种子左上角有变异的字样。
